Ich würde auf zu hohe Eingangsspannungsspitzen tippen, ohne es zu messen ist das aber nix wert.
Ein Tiefpass am Input1,2 probieren, Werte für R/C würde ich mit 1k und 10µF mal testen.
Am ADC ist nicht klar was du angeschlossen hast.
Auch würde ich statt Pin2 den Pin6 für GND wählen.